Seit dem 27. Oktober 2011 besteht auch ein Kooperationsvertrag mit der Universität Regensburg – Fakultät für Biologie und Vorklinische Medizin – Lehrstuhl für Biochemie III unter der Leitung von Prof. Dr. Gernot Längst. Diese bayernweit einzigartige Zusammenarbeit hat mittlerweile zahlreiche erfolgreiche Projekte hervorgebracht. So wurde die RLFB „Naturwissenschaftliche Vorträge“ am Ortenburg-Gymnasium jedes Jahr durch hochkarätige Referenten bereichert.

Außerdem haben Oberstufenschüler die für sie einmalige Möglichkeit, an einem ganztägigen Gentechnik-Praktikum teilzunehmen, das von Mitarbeitern des Lehrstuhls von Prof. Längst speziell für das OGO konzipiert wurde und auch direkt an der Schule durchgeführt wird. Im Dezember 2010 kamen dazu die beiden Nachwuchsforscher Karina Zillner und Stefan Dillinger, beides Doktoranden, mitsamt einer professionellen Laborausstattung an das OGO. Dadurch konnten die angehenden Abiturienten molekularbiologische Grundtechniken, die sie sonst nur theoretisch aus dem Biologie-Unterricht und aus Lehrbüchern kennen, selbst in der Praxis erproben. Außerdem führte Prof. Längst die Oberstufenschüler mit einem anschaulichen Vortrag in die Thematik der chromosomalen Organisation im Zellkern sowie in den faszinierenden Forschungsbereich der Epigenetik ein.

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Biochemiker der Uni Regensburg brachten für die Abiturienten des Ortenburg-Gymnasiums ihre professionelle Laborausrüstung mit.

Darüber hinaus wird im Zuge der Kooperation Schülern angeboten, an einem eintägigen Molekularbiologie-Workshop an der Universität Regensburg teilzunehmen. Besonders Interessierte können sich für diese in englischer Spreche abgehaltene Maßnahme schriftlich bewerben. Außerdem erhält das OGO aufgrund der bestehenden Kontakte stets Einladungen zu besonderen Veranstaltungen.